단백질 서열 하나가 3차원 구조 모델로 바뀌는 순간은 놀랍습니다. 하지만 AlphaFold를 제대로 쓰는 일은 버튼을 누르는 데서 끝나지 않습니다. 어떤 서열을 넣었는지, 어떤 도구를 골랐는지, pLDDT와 PAE가 무엇을 말하는지, 복합체와 리간드 예측을 어디까지 믿어야 하는지 알아야 비로소 예측 구조가 연구에 쓸 수 있는 가설이 됩니다.
이 책은 AlphaFold를 처음 시작하는 사용자부터 ColabFold, AlphaFold DB, AlphaFold Server, 로컬·HPC 실행까지 다뤄야 하는 실무자까지를 위한 안내서입니다. UniProt에서 올바른 서열을 고르는 법, ColabFold로 첫 예측을 실행하는 법, pLDDT·PAE·pTM·ipTM으로 신뢰도를 판단하는 법, AlphaFold 3 JSON 입력을 이해하는 법, 로컬 환경에서 AlphaFold 2와 3를 운영하는 법을 차근차근 따라갑니다.
무엇보다 이 책은 AlphaFold 결과를 '정답'이 아니라 '검증 가능한 구조 가설'로 다루는 태도를 강조합니다. 단일 단백질, 복합체, DNA/RNA, 리간드, 이온, 변형 잔기를 포함한 예측을 해석할 때 어디까지 말할 수 있고 어디서 멈춰야 하는지, 그리고 그 결과를 논문·보고서·협업 문서에 재현 가능하게 남기는 방법까지 함께 익히게 됩니다.
